Le port autonome de Rouen a enregistré une baisse générale de 4.6% de son trafic l'an passé. En tout, 22.2 millions de tonnes ont été traitées, contre 23.3 millions en 2006. Bien qu'il ne parvienne pas à retrouver son niveau de la fin des années 90 (24 Mt en 1999), l'établissement public juge tout de même 2006 comme une « troisième bonne année consécutive, à plus de 22 millions de tonnes ». L'activité a été fortement pénalisée par une perte de 674.000 tonnes de produits pétroliers raffinés. Cette chute des raffinés est consécutive, selon le port, « à l'arrêt technique programmé de trois mois d'une unité de production et à une baisse relative des importations de gazole ». Toutefois, ce dernier note qu'à 9.5 millions de tonnes, le trafic des produits raffinés reste tout de même supérieur à son niveau de 2005 (+9.3%).
L'autre grand poste déficitaire est celui des céréales, qui enregistrent une perte de 487.000 tonnes (5.2 Mt). « Cette baisse est essentiellement due à la hausse considérable des cours du blé, ralentissant momentanément les opérations d'exportation ». A noter également la baisse prévue du trafic de sucre (-140.000 t), liée à l'application des accords OMC de Hong Kong 2006.
Globalement, les autres secteurs de trafics du port de Rouen sont à la hausse. Les marchandises diverses (2,84 Mt) enregistrent la baisse du sucre et des farines en sacs mais les produits forestiers et papetiers sont en hausse de 7% et les autres marchandises diverses affichent une croissance de 2,3 %. Enfin, le trafic des conteneurs maritimes connaît un repli de 3%. En revanche, celui des conteneurs fluviaux, non comptabilisés dans le trafic général, enregistre une forte progression, de plus de 40%. Le port de Rouen a traité en 2007 un total de 230.400 conteneurs (EVP), dont 70.200 conteneurs fluviaux.