Les juges d'instruction en charge de l'enquête sur le naufrage du chalutier, le 15 janvier 2004, estiment que la thèse du sous-marin est la plus plausible. « Nous arrivons à la conclusion suivante : l'hypothèse d'un sous-marin qui se serait pris dans l'une, voire les deux fûnes du Bugaled Breizh, est l'hypothèse la plus sérieuse en l'état du dossier », indiquent les magistrats dans une note en date du 19 février. En décembre dernier, déjà, une étude de l'Ifremer avait remis en cause les conclusions du Bureau Enquête Accident - Mer. En novembre 2006, le BEA avait estimé qu'une croche ou un enfouissement dans les fonds sableux avait été « le facteur déclenchant » d'une « conjonction d'éléments » ayant conduit au naufrage du Bugaled Breizh. C'est en août que , dans le cadre de l'information judiciaire, cette nouvelle étude avait été commandée à l'Institut Français de Recherche et d'Exploration de la Mer. Des simulations numériques ont été réalisées à Lorient pour comprendre le comportement du chalutier et celui de son train de pêche. Or, à l'issue de ces essais, le rapport de l'Ifremer a exclu la thèse avancée par le BEA-Mer.
La piste du sous-marin, à laquelle les proches des 5 pêcheurs disparus, est donc de nouveau sur le devant de la scène. « Les autres hypothèses qui pourtant semblaient très probables au lendemain du naufrage sont quasiment toutes écartées », explique le juge Richard Foltzer dans ses conclusions provisoires. Ce dernier précise que « les spécialistes consultés concluent à ce que cette hypothèse du sous-marin est possible, voire probable, même pour certains très probable ».
Si c'est effectivement un sous-marin qui est responsable, reste maintenant à savoir lequel et cette identification ne s'annonce pas simple. Au moment du naufrage, des exercices militaires étaient en cours dans le secteur du Cap Lizard, impliquant notamment le sous-marin néerlandais Dolfinj et un moins un bâtiment britannique de la classe Trafalgar.