Depuis le 6 juillet et jusqu'au 3 août, un détachement de Rafale Marine de l'aéronautique navale assure à la protection de l'espace aérien français en participant à la Permanence Opérationnelle (PO). Depuis le 11 septembre 2001 la Marine nationale renforce régulièrement ce dispositif, principalement assuré par l'Armée de l'air et visant à assurer la souveraineté de l'espace aérien français 24h/24. Les avions, placés directement sous l'autorité du premier ministre et du CDAOA (Commandement de la Défense Aérienne et des Opérations Aériennes) sont parés, prêts pour un décollage en 2, 7 ou 15 minutes et peuvent intercepter tout aéronef suspect ou porter secours à ceux en détresse. Ils assurent ainsi leur mission de police du ciel, pilotes et mécaniciens se relayant durant toute la période de PO afin de garantir la disponibilité des avions. Les Rafale de la Marine sont de permanence sur la base de Lann Bihoué (Morbihan), un des sites stratégiquement répartis sur toute la France afin de garantir la couverture totale de l'espace aérien national.
Réunis au sein de la flottille 12F, basée à Landivisiau (Finistère), les Rafale M, actuellement au nombre de 18, font partie du groupe aérien embarqué (GAé) du porte-avions Charles de Gaulle. Ils peuvent assurer des missions de défense aérienne, d'attaque au sol, de lutte antinavire, de frappe nucléaire ou de reconnaissance.