C’est une technique mise en place récemment. Les scientifiques de l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer) ont commencé à tester l’« ADN environnemental », ou ADNe, pour recenser les populations de poissons. Les premiers prélèvements ont eu lieu en novembre dernier à bord du Thalassa, l'un des navires de la Flotte Océanographique Française plus spécialement dédié aux missions halieutiques, et les analyses se poursuivent cette année.
Cette méthode consiste d’abord à réaliser un prélèvement d’eau de mer. Dans cet échantillon, les scientifiques analysent les résidus d’ADN laissés par les organismes vivants (écailles, fèces, mucus, peau…). L’idée est d’utiliser les portions d’ADN comme un code barre pour identifier l’espèce. « On va séquencer l’ADN et en fonction de la séquence, cela va permettre d’identifier le genre de poisson et éventuellement jusqu’à l’espèce », précise Tristan Renault, responsable du département Ressources biologiques et Environnement de l'Ifremer. De plus, « les quantités d’ADN, pour une espèce donnée dans un prélèvement, peuvent varier et fournir une information sur l’abondance de cette espèce dans l’environnement marin alentour ».
En parallèle, un marqueur génétique spécifique a été développé pour voir si cette méthode permet de quantifier les populations de merlu. Ainsi, plutôt que de séquencer tout l’ADN présent dans un échantillon, « on peut construire une sonde qui est spécifique de tel ou tel ADN et qui va pouvoir s’hybrider sur l’ADN de l’espèce cible considérée » : « Dans ce cas-là, on a une approche ciblée et non pas systématique ».
Pour le moment, l’Ifremer a encore recours essentiellement à des campagnes halieutiques pour évaluer les populations. Un trait de chalut permet de remonter des poissons qui sont comptés, identifiés et aussi mesurés (taille, poids et âge grâce aux otolithes). Des statistiques sont ensuite établies. L’ADNe reste en phase d’expérimentation. « On est sur quelque chose d’assez prometteur, mais qui nécessite confirmation. C’est pour cela que, dans un premier temps, on continue à effectuer des traits de chalut et, par ailleurs, à faire des prélèvements d’eau. On peut regarder s’il y a adéquation », indique le responsable de l’Ifremer.
Néanmoins, cette méthode ouvre des perspectives intéressantes. L’impact sur les animaux est réduit en évitant de capturer le poisson et on peut économiser l’énergie nécessaire à l’utilisation du chalut. De plus, la technique est « peu onéreuse », avec « des coûts qui ont largement diminué en matière de séquençage ADN ». Enfin, l’ADN environnemental permet de déceler la présence d’espèces rares ou furtives et de réaliser un inventaire plus exhaustif. Ainsi, plus les prélèvements sont importants et plus ils seront représentatifs de l’environnement, des traces d’espèces peu abondantes pouvant être détectées.
D’autres techniques sont par ailleurs développées, comme l’imagerie. « On peut aménager des stations de caméras sur le fond dans certaines zones. Elles permettent de filmer et d’avoir une information sur l’abondance, à partir de l’analyse des images, en comptant les animaux », explique Tristan Renault. Ce système est employé par l’Ifremer en Nouvelle-Calédonie, pour décrire la biodiversité notamment, mais « on est en train de développer ce type d’approche en Méditerranée ou en Atlantique, dans le golfe de Gascogne ». Des projets sont liés aux installations pour les énergies marines renouvelables, qui sont instrumentées avec des caméras. L’Ifremer a encore recours à des appareils acoustiques, sortes de sonars, qui vont permettre d’identifier certains types de poissons et de donner des indications sur l’abondance.
